一、预防污染
预防是防止细胞培养过程中发生污染的办法。只有在细胞培养前做好预防工作，才能将发生污染的可能性降到最小程度。
一般预防可以从以下几方面着手：
1. 作者
① 操作者需要具备很强的责任心，并且细心稳重、操作技术熟练。进无菌室前要用肥皂洗手或用5%新洁尔灭浸泡5分钟，按规定穿隔离衣。进入后关好门，坐下后尽量少走动。工作开始前用75%酒精棉球擦手、擦瓶口和烧灼瓶口，严格检查器材、溶液和培养物，不要把污染品或未经消毒的物品带入无菌室内，以免造成大批污染。
② 操作者动作要轻，必须在火焰周围无菌区内打开瓶口，并将瓶口转动烧灼。（操作时尽量不要谈话，若打喷嚏或咳嗽应转向背面）
③ 操作时要常更换吸管，切勿一直使用同一根吸管。一旦发现吸管口接触了手和其他污染物品应及时丢弃。实验完毕后及时收拾，保持实验室的清洁整齐，最后用消毒水浸泡的纱布擦台面。
2. 物品、用品消毒灭菌
细胞培养所用物品清洗、消毒要彻底，各种溶液灭菌除菌要仔细，并在无菌试验阴性后才能使用。操作室及剩余的无菌器材要定期清洁消毒灭菌。
3. 防止细胞交叉污染
① 在进行多种细胞培养操作时，所用器具要严格区分，做上标记便于辨别。并按顺序进行操作，避免一起进行时发生混乱。
② 在进行换液或传代操作时，注射器和滴管不要触及细胞培养瓶瓶口，以免把细胞带到培养液中污染其他细胞。
③ 所有细胞一旦购置，或从别处引入、自己建立，均应及早留种冻存，一旦发生污染可弃之复苏，重新培养。
二、污染的清除
培养细胞一经污染，多数都会较难处理。如果污染细胞价值不大，建议丢弃；有细胞株留存的或可购置的，可在寻找原因后消毒操作室，复苏或重新购置细胞，再培养。若污染细胞价值较大，又难于重新得到，可采取以下办法清除：
1. 使用抗生素
抗生素对杀灭细菌的效果较好。联合用药比单独用药效果好；预防用药比污染后再用药效果好。预防用药一般用双抗生素，污染后清除用药需采用大于常用量5~10倍的冲洗法，于加药后作用24～48小时，再换常规培养液。此法在污染早期可能有效。所用抗生素品种除青霉素、链霉素外，还可用庆大霉素、卡那霉素、多粘菌素、四环素、制霉菌素等。常用400～800μg/mL卡那霉素或200μg/mL四环素处理，每隔2～3日换液1次，传1～2代进行治疗。
2. 使用支原体特异性血清
用5%的兔支原体免疫血清（血凝效价1:320以上）可去除支原体污染，因特异抗体可抑制支原体生长，故经抗血清处理后11天即转为阴性，并且5个月后仍为阴性。（此法比较麻烦，不如用抗生素方便、经济）
3. 加温处理
将污染的组织培养物放在41℃培养18小时，可杀死支原体，但对细胞有不良影响。所以在处理前要进行预试验，摸索能最大限度杀死支原体又对细胞影响最小的加热时间。（此法有时不可靠，若先用药物处理后，再以41℃加温处理效果更佳。）
4. 其他方法
除了上述去除污染的方法外，还有动物体内接种除菌法、巨噬细胞吞噬法、污染培养瓶中加溴尿嘧啶再用光照射的方法及过滤法等，但均较麻烦，且效果不确定。所以一旦支原体污染，除非有特别重要价值，一般均弃之重新培养。
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